Qual o prazo que a administração tem para aplicar uma penalidade a um contratado?

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Muitas vezes o contrato administrativo já foi extinto, porém o contratado praticou irregularidades que necessitariam da abertura de um processo administrativo e a devida penalização.
Assim uma dúvida comum é,  após extinto o contrato administrativo, é possível aplicar sanção ao contratado ?  Certamente que sim ! Não é porque o contrato foi extinto que a conduta irregular do contratado seria simplesmente perdoada. Toda conduta irregular deve ser punida (claro que para isso, ainda que a sanção seja uma simples advertência, é necessário seguir todas as regras de um processo administrativo sancionador, fornecendo contraditório e ampla defesa ao fornecedor)
Agora, qual o prazo para aplicação da sanção?  Neste caso a orientação é pela aplicação da Lei 9873/99, art. 1º, que prevê o prazo de cinco anos (contados da prática do ato irregular).