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É possível obrigar o órgão a adotar o menor preço como valor de referência/estimado em licitações?

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A IN 05/14 traz algumas metodologias para, com base na pesquisa de mercado, chegar ao valor estimado daquela licitação.
Alguns órgãos ou entidades impõe que aquele órgão adote sempre o menor preço como parâmetro de referencia. Será que isto está correto?
As metodologias existem pois no caso concreto que o gestor responsável conseguirá evidenciar qual será a melhor alternativa a ser adotada naquele caso.
Regra geral adota-se a média ou mediana pois são medidas de tendência central e representam melhor os preços praticados no mercado.
Já o menor preço é sugerido para ser adotado como parâmetro de referencia nos casos de objetos fornecidos por um conjunto restrito de empresas, com baixa competição.
Contudo se o seu órgão ou entidade obriga a adotar o menor preço, você terá que obedecer correndo o risco das suas licitações restarem desertas, se isso ocorrer a metodologia deverá ser repensada exatamente para que o gestor tenha flexibilidade de adotar a melhor metodologia no caso concreto.
No caso dos órgãos de controle, não podem impor a adoção do menor preço, uma vez que a legislação não obriga a essa conduta, conforme decisão abaixo do TCU.
Contudo, muito cuidado pois todas as orientações aqui fornecidas levam como pressuposto que sua pesquisa foi bem elaborada. Caso você tenha feito ou utilizado uma pesquisa mal elaborada, com preços acima dos praticados no mercado, sua contratação será fechada a valor exorbitante e os agentes responsáveis responderão por isso independentemente de terem adotado o menor preço, media ou mediana.
Por isso a pesquisa precisa ser elaborada de forma segura, com valores correntes e praticados no mercado, de forma criteriosa.

Sobre a não possibilidade de impor o menor preço, confira o trecho do Acórdão nº 3.068/2010 - Plenário – TCU:
VOTO
22. Tanto a Secretaria de Obras quanto a de Recursos manifestaram-se pela manutenção das determinações, pugnando pela utilização da menor cotação dos preços na orçamentação da obra, em detrimento da mediana utilizada pelo TRT.
23. Em que pese a abalizada argumentação apresentada pelas unidades instrutivas, constantes do relatório precedente, divirjo do encaminhamento proposto.
24. Cumpre registrar que a Lei n.° 8.666/93 não prescreve como deve ser realizado este orçamento.
27. A colmatação da lacuna normativa efetuada pelos gestores do TRT utilizou-se do parâmetro legal esculpido no caput do art. 109 da LDO/2009 e, assim, definiu como custo unitário dos insumos a mediana dos preços pesquisados. A solução me parece dotada de razoabilidade, assim como seria se houvesse utilizado a média das cotações. Destaco que o menor preço é um dos preços do mercado, mas não reflete o mercado. Nesse sentido, entendo que o preço de mercado é mais bem representado pela média ou mediana uma vez que constituem medidas de tendência central e, dessa forma, representam de uma forma mais robusta os preços praticados no mercado.